学校法人の法人税についてですが、

その対象となる収益事業について今一度ご確認ください。

法人税の課税されるべき収益の概念があります。

さらに法人税法上の収益事業は限定列挙です。

この２つをきちんと理解すれば余計な納税はなくなると思います。

用品代収入と用品代支出バランス。

課外保育活動収入の対象者の範囲。

よく見るケースではこの辺の事実確認と是正ができると思います。

学校法人会計と、税務申告は専門の事務所はよろしいかと思います。